Po porazu smrtnega sovražnika Shredderja so se Ninja želve med seboj odtujile. Podgana sensei, mojster Splinter, se trudi, da bi jih obdržal skupaj, toda še bolj ga skrbijo nenavadni dogodki v New Yorku. Mogočni industrijalec Max Winters namreč oblikuje vojsko starodavnih pošasti, ki naj bi zavladale svetu. Zaustavi jih lahko samo neustrašna ekipa Ninja želv - junakov v polovičnem oklepu -- Leonardo, Michelangelo, Donatello in Raphael! S pomočjo svojih starih zaveznikov, April O'Neil in Caseyja Jonesa, se želve podajo v najhujši boj doslej. Znova se morajo spopasti s skrivnostnimi temnimi silami, ki se s svojimi ninja veščinami dokazujejo pod okriljem Wintersa.