Minili sta dve leti, odkar so Cloud Strife, Tifa Lockheart in Barret porazili sile zla, utelešene v liku Sephirotha; dve leti, odkar so ruševine Midgara spomin na žrtve, ki so bile cena miru. Toda svet se bo kmalu soočil z novo grožnjo, Geostigmo, skrivnostno nalezljivo boleznijo, ki prizadene otroke in se širi z neverjetno hitrostjo...